Class SBMLLocalParameter

java.lang.Object
de.ipk_gatersleben.ag_nw.graffiti.plugins.ios.sbml.SBMLLocalParameter

public class SBMLLocalParameter
extends Object
  • Constructor Details

    • SBMLLocalParameter

      public SBMLLocalParameter​(Graph g, String presentedAttributeName, String internAttributeName)
      Constructor. Initializes the graph. In Reader
      Parameters:
      g - the graph where the information is read from
    • SBMLLocalParameter

      public SBMLLocalParameter​(Graph g, int localParameterCount)
  • Method Details

    • setID

      public void setID​(Node reactionNode, String ID)
    • setName

      public void setName​(Node reactionNode, String name)
    • setValue

      public void setValue​(Node reactionNode, Double value)
    • setUnits

      public void setUnits​(Node reactionNode, String units)
    • setMetaID

      public void setMetaID​(Node reactionNode, String metaID)
    • getMetaID

      public String getMetaID​(Node node)
    • isSetMetaID

      public Boolean isSetMetaID​(Node reactionNode)
    • deleteMetaID

      public void deleteMetaID​(Node node)
    • setSBOTerm

      public void setSBOTerm​(Node reactionNode, String sboTerm)
    • isSetSBOTerm

      public Boolean isSetSBOTerm​(Node reactionNode)
    • deleteSBOTerm

      public void deleteSBOTerm​(Node node)
    • getSBOTerm

      public String getSBOTerm​(Node node)
    • setAnnotation

      public void setAnnotation​(Node reactionNode, org.sbml.jsbml.Annotation annotation)
    • isSetAnnotation

      public Boolean isSetAnnotation​(Node reactionNode)
    • deleteAnnotation

      public void deleteAnnotation​(Node node)
    • getAnnotation

      public org.sbml.jsbml.Annotation getAnnotation​(Node node)
    • setNonRDFAnnotation

      public void setNonRDFAnnotation​(Node reactionNode, org.sbml.jsbml.xml.XMLNode nonRDFAnnotation)
    • isSetNonRDFAnnotation

      public Boolean isSetNonRDFAnnotation​(Node reactionNode)
    • deleteNonRDFAnnotation

      public void deleteNonRDFAnnotation​(Node node)
    • getNonRDFAnnotation

      public org.sbml.jsbml.xml.XMLNode getNonRDFAnnotation​(Node node)
    • setNotes

      public void setNotes​(Node reactionNode, String notes, org.sbml.jsbml.xml.XMLNode notesObj)
    • deleteNotes

      public void deleteNotes​(Node node)
    • isSetNotes

      public Boolean isSetNotes​(Node reactionNode)
    • getNotes

      public String getNotes​(Node node)
    • isSetID

      public Boolean isSetID​(Node reactionNode)
    • isSetName

      public Boolean isSetName​(Node reactionNode)
    • isSetValue

      public Boolean isSetValue​(Node reactionNode)
    • isSetUnits

      public Boolean isSetUnits​(Node reactionNode)
    • getID

      public String getID​(Node reactionNode)
    • getName

      public String getName​(Node reactionNode)
    • getValue

      public Double getValue​(Node reactionNode)
    • getUnits

      public String getUnits​(Node reactionNode)